En 1789, la Révolution française éclate à Paris. Elle est menée par la bourgeoisie métropolitaine qui veut diminuer l'autorité du roi et combattre les privilèges de la noblesse et du haut clergé, mais, comme les négociants de Saint-Domingue, ils restent en faveur du Pacte colonial, qui prévoit le maintien des structures coloniales et de l'esclavage. Par rapport aux esclaves, la période révolutionnaire se divise en deux temps: 1789-1793, avant la liberté générale, et 1793-1804, passage de la liberté à l'indépendance.

La Révolution française maintient des représentants royalistes, mais, en 1790, ils assistent à la création du mouvement autonomiste des grands planteurs (Assemblée de Saint-Marc). En Haïti, les premières luttes sont les suivantes: Celle des affranchis du Nord qui se termine par l'exécution d'Ogé et de Chavannes au Cap (25 février 1791); la cérémonie du Bois Caïman sous la conduite de Boukman (14 août 1791), suivie de l'insurrection générale des esclaves du Nord (22 août); la lutte des Pompons rouges contre les Pompons blancs.
Les Pompons rouges sont descolons autonomistes qui veulent modifier le Pacte colonial. Les Pompons blancs représentent la France royaliste et ses alliés. Enfin le soulèvement des affranchis de l'Ouest, qui se termine par la signature du Concordat de Damiens. Les blancs, vaincus, et surtout effrayés par les révoltes d'esclaves, signèrent avec les affranchis la jouissance de leurs droits politiques.
Après la violation de ce concordat, les affranchis assiègent Port-au-Prince.

Le 29 août 1793, le commissaire civil français Sonthonax, comprenant que seuls les esclaves étaient assez forts pour garder la colonie de Saint-Domingue sous le giron français, proclame l'abolition de l'esclavage. Avec Polvérel, il mit en vigueur des règlements qui prévoyaient que les nouveaux libres resteraient comme cultivateurs sur les habitations mais qu'on leur octroierait le quart des récoltes. Les blancs, furieux, livrèrent certaines villes aux Espagnols, qui les occupèrent grâce aux chefs de bandes "passés à l'Espagnol". Ces chefs de bandes, des Noirs insurgés, étaient dévoués à l'Espagne pour deux raisons. D'abord parce qu'elle leur octroie largement armes, argent et grades d'officiers généraux et ensuite parce qu'ils étaient royalistes et catholiques dévots.
Jean-François, Biassou et surtout Toussaint Louverture font donc flotter le drapeau espagnol sur des villes de Saint-Domingue. Il faut savoir que ces luttes sont menées sur l'ensemble du territoire de l'île et non pas seulement dans l'actuelle république d'Haïti.

La colonie semblait perdue pour la France lorsque Toussaint Louverture mit son génie au service des Français. Le gouverneur Laveaux, ayant réalisé qu'il fallait un leader aux esclaves, fit appel à Toussaint Louverture. Quand la France eut proclamé la liberté générale des esclaves dans toutes ses colonies, Toussaint se décida à abandonner l'Espagne et tous les avantages que ce pays esclavagiste lui accordait. Toussaint Louverture passa dans l'Ouest pour défendre les intérêts de sa classe et essayer d'instaurer dans Saint-Domingue l'égalité dont il rêvait. Il combattit les espagnols puis les Anglais. Il délogea de Dondon et de Saint-Michel les troupes de Jean-François et de Biassou. Il vainquit les Anglais au "Vieux Bac" dans l'Artibonite et les chassa de Mirebalais, Toussaint avait des dons extraordinaires d'organisateur. La France le récompensa pour les services rendus en le nommant général de brigade.

Entre 1793 et 1798, Haïti vécut une occupation anglaise et espagnole qui se termina le 31 août 1798 par la remise du môle Saint-Nicolas à Toussaint par le général Maitland. Les plus grands honneurs furent rendus au général noir Toussaint Louverture affirment que le but de sa vie a été invariablement l'abolition de l'esclavage. S'il passe au service de l'Espagne, c'est pour combattre la France, qui refuse d'accorder des libertés aux esclaves. S'il retourne sous le drapeau français, c'est parce que la France révolutionnaire a proclamé libres tous les esclaves de ses colonies.

Le 4 février 1794, la Convention (Assemblée nationale française) abolit l'esclavage. En effet, le decret du 28 mars 1790 n'avait pas eu de conséquence pour les affranchis et celui du 15 mai 1791, reconnaissant la qualité de citoyens actifs, non plus. Et cela, en raison d'une levée de boucliers des colons sur place (Royalistes) refusant d'appliquer les lis de la France révolutionnaire. En 1801, Toussaint Louverture occupe la partie est de l'île (Santo Domingo) et s'autoproclame gouverneur à vie au terme d'une nouvelle constitution (8 juillet). Maître de toute l'île, il fit voter cette constitution qui était une déclaration d'autonomie et un premier pas vers l'indépendance.

En 1802, le consul Bonaparte, détenteur du pouvoir en France, envoya à Saint-Domingue une armée de 22 000 hommes et une flotte de 86 bateaux pour écraser Toussaint Louverture, le 1 er février, débarque au Cap le corps expéditionnaire français. Battues à la fin avril, les troupes régulières de Toussaint reconnaissent leur défaite. Le 6 mai 1802, Toussaint se soumet et se retire dans sa propriété d'Ennery. Le 7 juin, il est arrêté par traîtrise et conduit en France. Transféré au fort de Joux dans le Jura, il y décèdera le 7 avril 1803.

En août 1802, la "guerre de l'indépendance" est déclenché. Les français, décimés par la fièvre jaune, sont opposés, fin décembre, à un nouveau chef de l'insurrection des Noirs et des mulâtes: Dessalines.
L'année 1803 vois les français évacuer le fort Vertières et Rochambeau remettre à Dessalines la ville du Cap et le môle Saint-Nicolas. La colonisation française qui durait depuis 1697 (traité de Ryswick) prit fin le 19 novembre 1803.